近日，由太阳成tyc234cc陈玲玲教授、朱玺桐助理教授，联合华中农业大学欧阳亦聃教授完成的研究成果发表于国际权威期刊《Genome Biology》，论文题为 “The hidden sources of spurious fusion transcripts in plants” 。该研究系统揭示了植物融合转录本检测过程中普遍存在的假阳性来源，并建立了一套用于可靠鉴定真实融合转录本的验证策略，为重新认识植物转录组复杂性提供了新的研究视角。太阳成tyc234cc为本论文的第一完成单位。

图1. 论文截图

融合转录本通常被认为可能产生新的基因功能，并参与植物重要生物学过程。然而，随着高通量测序技术的发展，大量融合转录本被报道的同时，其真实性也受到越来越多关注。本研究整合PacBio IsoSeq、Nanopore direct RNA测序以及长读长cDNA测序等多平台转录组数据，并结合短读长RNA测序、基因组比对分析以及实验验证，对植物融合转录本的来源进行了系统评估。

研究发现，植物中大量检测到的融合转录本并非真实的生物学融合事件，而是由多种技术和分析因素共同造成的假阳性信号。其中，短同源序列介导的模板切换（short homologous sequence-mediated template switching, SHS）是最主要的来源之一。此外，错误比对、参考基因组偏差以及基因注释不准确等因素，也会导致类似融合转录本的产生。基于这些发现，研究团队进一步提出了一套更加严格的融合转录本鉴定策略，包括优先采用长读长特别是direct RNA测序数据、结合物种自身高质量参考基因组、开展断点精细分析以及设计严格实验对照等。

图2. 本研究提出的识别可靠植物融合转录本的策略

该研究重新审视了植物融合转录本研究中的一些长期认识，强调在复杂基因组和转录组背景下“检测到融合信号”并不等同于“真实发生融合”的重要观点。研究提出的验证策略将有助于提高植物转录组研究的可靠性，并为未来探索真实融合事件及其潜在生物学功能提供重要参考。

值得一提的是，研究团队为直观展示这一科学问题，设计了极具中国文化特色的图文摘要。图3中借鉴《西游记》中“真假美猴王”的经典故事，将两个难以分辨的孙悟空比喻为真假难辨的融合转录本信号，而象征科学验证体系的“照妖镜”，则代表通过direct RNA测序、匹配参考基因组以及严格实验验证等多重证据，对真实融合事件进行鉴别。这一设计寓意着：在复杂的植物转录组世界中，看似融合的信号，并不一定代表真正的融合事件。

图3. 本研究的图文摘要

该项研究由太阳集团tyc234cc与华中农业大学等单位联合完成。太阳成tyc234cc朱玺桐助理教授、华中农业大学卢馨妍、张增鑫，以及太阳集团tyc234cc生科院已毕业硕士生唐倩（现为生科院科研助理）为论文共同第一作者；华中农业大学欧阳亦聃教授和太阳集团tyc234cc/崖州湾实验室陈玲玲教授为论文共同通讯作者。本研究得到了国家自然科学基金（U24A20369、32341031）等项目的支持。

论文链接：https://link.springer.com/article/10.1186/s13059-026-04179-8

一审一校|朱玺桐 明振华

二审二校|覃文月

三审三校|李伟辉